2026년 개정 통합고용세액공제 총정리② 중견기업 계산구조, 고용감소 시 달라진 점

안녕하세요. 세무회계 봄날 <가을날> 입니다.

2026년 새롭게 개정된 통합고용세액공제에 대해 이어서 알아봅시다.

중견기업과 일반기업은 중소기업과 달리 최소고용증가인원수가 적용되기 때문에

세액공제 계산구조에도 차이가 있습니다.

그렇다면 중견기업과 일반기업의 세액공제는 어떻게 계산되는지 알아보겠습니다.

※ 이해를 돕기 위한 단순화된 예시이며, 세액공제 적용에 필요한 다른 요건은 충족한 것으로 가정합니다.

예를 들어 다음과 같은 경우를 살펴보겠습니다.

2028년 중견기업의 세액공제를 계산한다고 가정할 때

기본적인 계산구조는 중소기업 계산구조와 동일합니다.

· 직전 과세연도 대비 : 27년 vs 28년

· 전전 과세연도 대비 : 26년 vs min(27년,28년)

· 전전전 과세연도 대비 : 25년 vs min(26년,27년,28년)

· 청년등 상시근로자와 청년등외 상시근로자의 증가 인원 수는 전체 상시근로자의 증가 인원 수를 넘어갈 수는 없습니다.

계산방법 (음수는 0으로 봅니다)

직전 과세연도 대비 : 27년 14명 vs 28년 18명, 18 - 14 = 4, 4명

전전 과세연도 대비 : 26년 12명 vs min(27년 14명,28년 18명), 14 - 12 = 2, 2명

전전전 과세연도 대비 : 25년 10명 vs min(26년 12명,27년 14명,28년 18명), 12 - 10 = 2, 2명

(전전과 전전전 과세연도의 증가 인원수는 2명 이지만 최소고용인원수 미달로 0명으로 계산)

직전 과세연도 대비 : 4명 X 500만원 = 2,000만원

전전 과세연도 대비 : 0명 X 900만원 = 0

전전전 과세연도 대비 : 0명 X 900만원 = 0

따라서 청년등 상시근로자의 통합고용세액공제 가능금액은 2,000만원입니다.

청년등외 상시근로자도 동일하게 계산합니다.

직전 과세연도 대비 : 27년 24명 vs 28년 27명, 27 - 24 = 3, 3명

전전 과세연도 대비 : 26년 22명 vs min(27년 24명,28년 27명), 24 - 22 = 2, 2명

전전전 과세연도 대비 : 25년 20명 vs min(26년 22명,27년 24명,28년 27명), 22 - 20 = 2, 2명

(전전과 전전전 과세연도의 증가 인원수는 2명 이지만 최소고용인원수 미달로 0명으로 계산)

직전과세연도 대비 : 3명 X 300만원 = 900만원

전전과세연도 대비 : 0명 X 500만원 = 0

전전전과세연도 대비 : 0명 X 500만원 = 0

청년등외 상시근로자의 통합세액공제가능금액은 900만원입니다.

청년등 상시근로자와 청년등외 상시근로자의 통합세액공제가능금액 합은 2,900만원입니다.

하지만 중견기업과 일반기업은 최소고용증가인원수가 적용되므로,

위에서 계산한 금액을 그대로 공제받는 것은 아닙니다.

중견기업의 최소고용증가인원수는 5명이므로, 증가한 인원 중 5명에 해당하는 공제금액을 차감해야 합니다.

이때 최소고용증가인원수에 해당하는 금액은 청년등 외 상시근로자의 증가분부터 먼저 차감하고,

부족한 인원은 청년등 상시근로자의 증가분에서 차감합니다.

위 사례에서는 직전 과세연도 대비 청년등 외 상시근로자가 3명, 청년등 상시근로자가 4명 증가했습니다.

따라서 최소고용증가인원수 5명을 적용하면, 먼저 청년등외 상시근로자 3명을 차감하고

나머지 2명은 청년등 상시근로자 증가분에서 차감하게 됩니다.

그 결과 청년등 상시근로자 증가분 4명 중 2명만 공제대상으로 남게 됩니다.

따라서 최종 공제세액은

2명 × 500만원 = 1,000만원입니다.

일반기업의 경우

계산구조는 중견기업과 동일하지만, 최소고용증가인원수가 10명으로 더 높습니다.

또한 일반기업은 청년등 상시근로자의 증가분만 공제대상이며,

청년등 외 상시근로자 증가분에 대한 공제는 없습니다.

공제기간도 중소·중견기업보다 짧아 2년간 적용됩니다.

따라서 일반기업은 전체 상시근로자가 최소고용증가인원수 10명을 초과하여 증가한 경우, 그중 공제대상에 해당하는 청년등 상시근로자의 증가분을 기준으로 공제세액을 계산합니다.

기존 통합고용세액공제는 세액공제를 받은 후 일정 기간 동안 고용이 감소하면, 감소한 과세연도부터 추가 공제가 중단되고 이미 공제받은 세액의 일부 또는 전부를 다시 납부해야 하는 사후관리 규정이 있었습니다.

하지만 2026년부터 개편된 통합고용세액공제에서는 이러한 고용감소에 따른 기존 공제세액 추징 규정이 폐지되었습니다. 즉, 이후 상시근로자 수가 감소하더라도 이전 과세연도에 적법하게 공제받은 세액을 다시 납부하지 않습니다.

다만, 고용이 감소해도 아무런 영향이 없는 것은 아닙니다. 개편된 제도는 각 과세연도의 고용 증가 및 유지 여부에 따라 공제금액을 계산하기 때문에, 고용이 줄어들면 해당 연도 또는 이후 연도의 공제금액이 줄어들거나 공제를 받지 못할 수 있습니다. 다만 종전처럼 이미 받은 공제액까지 추징하지 않는다는 점이 가장 큰 차이입니다.

단시간 근로자란 1주 동안의 소정근로시간이 그 사업장에서 같은 종류의 업무에 종사하는

통상 근로자의 1주 동안의 소정근로시간보다 짧은 근로자입니다.

단시간근로자는 원칙적으로 상시근로자에서 제외되지만, 실제 근로기간이 1년 이상이고 해당 과세연도의 월평균 근로시간이 60시간 이상인 경우에는 상시근로자에 포함할 수 있습니다.

다만 일반적인 근로자와 달리 1명을 그대로 1명으로 계산하지 않고, 단시간근로자 1명은 0.5명으로 계산합니다. 일정 요건을 모두 갖춘 단시간근로자는 0.75명으로 계산할 수 있습니다.

추가로 아래에 해당하는 사람은 청년등 상시근로자가 될 수 없습니다.

이번 글에서는 2026년 개정된 통합고용세액공제의 주요 내용과 계산방법을 정리해보았습니다.

기업 규모와 근로자 유형에 따라 적용 방식이 달라질 수 있으므로, 실제 신고 시에는 관련 법령과 서식을 함께 확인하시기 바랍니다.